Die in weiten Teilen erhaltene historische Einrichtung der Obertor-Apotheke befindet sich am Originalstandort. Mit aktuell über 900 Sammlungsgegenständen, darunter auch zahlreiche Archivalien, Dokumente, Fotografien und historische Filmaufnahmen, kann das Museum Obertor-Apotheke alle relevanten Aspekte der Apothekerausbildung und Apothekenpraxis präsentieren. Das Museum Obertor-Apotheke zeigt in seiner Sammlung auch Zuwendungen aus einer Reihe regionaler Apothekeninventare (u.a. aus der ehemaligen Burg-Apotheke, Rothenfels 1806-1975; aus der Lamm-Apotheke, Kitzingen gegründet vor 1500) sowie aus dem Nachlass der Apothekerfamilie Surmann/Quinke (Hirsch-Apotheke, Rüthen).  Der komplette Sammlungsbestand wurde nach wissenschaftlichen Kriterien inventarisiert.